Die Nennung wird besonders in christlichen Kirchen, dem Katholizismus, den orthodoxen Kirchen, protestantischen Kirchen und in dem Judentum benutzt, das Konzept gibt es jedoch auch in dem Islam und in einigen anderen Religionen (siehe unten).

Häresie bedeutet "Heterodoxie" (Andersglaube) in dem Gegensatz zu "Orthodoxie" (Rechtgläubigkeit). Als solches kann eine Lehre in dem Prinzip ca. von ihren "orthodoxen" Gegnern als häretisch genannt werden. (Während das Wort Katharer = Ketzer ursprünglich eine Selbstbezeichnung bestimmter Gruppen war).

Häresie wird unterschieden von Apostasie (dem völligen - individuellen - Lossagen von einer Religion), von Blasphemie (der gotteslästerlichen Äußerung) und von Schisma (der Trennung von der Organisation einer Kirche, deren Rechtmäßigkeit bestritten wird - wobei die Lehre ebenfalls gemeint sein kann oder auch nicht).

Bereits in dem Urchristentum traten Lehrer auf mit mehr oder weniger kontroversen und/oder von der apostolischen Autorität abweichenden Meinungen bezüglich Christus, Gott, Erlösung und anderen zentralen Glaubensaussagen. Für die Kirche erwuchs die Notwendigkeit der Unterscheidung, welche dieser Lehren akzeptabel, und welche zu verwerfen waren.

Zu Lebzeiten der Apostel lag die letzte Autorität über die richtige Lehre bei den Aposteln (zum Beispiel beim Apostelkonzil).

Die Alte Kirche kannte bis in das 4. Jahrhundert zunächst keine zentrale Autorität, die über solche Fragen der Lehre hätte entscheiden können (auch der Bischof von Rom war zur damaligen Zeit keine solche Autorität). Es entwickelten sich zuerst drei gleichberechtigte kirchliche Metropolen in Antiochia, Alexandria und Rom. Konstantinopel und in weit kleinerem Maße Jerusalem kamen später noch hinzu. Deren Bischöfe waren in ihrem Umkreis bestimmend.

Daneben entstanden durch herausragende Personen in dem Laufe der Zeit auch noch andere theologische Schwerpunktzentren wie zu dem Beispiel in Nordafrika durch Augustinus und in Kleinasien durch die Kappadozier. Diese Theologen setzten sich mit den in ihrer Umgebung kursierenden abweichenden Lehren auseinander, wobei ihnen außer Argumenten und der Exkommunikation (dem Kirchenausschluss) nicht viele Machtmittel zur Verfügung standen. Eine solche Exkommunikation traf den Häretiker in der damaligen Zeit weit weniger als in dem europäischen Mittelalter, da das Christentum ja noch nicht Staatsreligion war. Außerdem war der Häretiker ja davon überzeugt, dass er dem rechten Glauben anhing, und sich die Kirche in dem Irrtum befände.

Vom 4. bis in das 8. Jahrhundert waren es die ökumenischen Konzilien, die Lehrentscheidungen für die ganze Kirche treffen konnten. Diese Lehrentscheidungen sind bis heute bei den orthodoxen, katholischen und den meisten protestantischen Kirchen anerkannt. Sie wurden ja auch zeitlich weit vor dem Schisma (Abtrennung von der orthodoxen Kirche) und der protestantischen Bewegung beschlossen.

Gewöhnlich ging einer Verurteilung einer Lehre durch ein ökumenisches Konzil eine Zeit der intensiven Auseinandersetzung, Diskussion und Argumentation voraus.

Die Lehrentscheidungen der ersten Jahrhunderte wurden in der Regel auf der Basis eines Mehrheitskonsenses getroffen. In einigen Fällen, zu dem Beispiel bei der Auseinandersetzung mit dem Arianismus lag die politische Macht allerdings auf der nicht-orthodoxen Seite (siehe auch Basilius von Caesarea, Gregor von Nazianz, Ambrosius von Mailand).

Eines der frühesten Probleme des Christentums war, sich in der synkretistischen Kultur des Hellenismus gegenüber synkretistischen Religionen wie Gnostizismus und Manichäismus abzugrenzen, die die christlichen Dogmen ganz oder teilweise mit anderen Religionen oder Eigenkonstruktionen vermischten. Solche Bewegungen waren

• Gnostizismus
• Markionismus
• Montanismus
• Manichäismus

Das apostolische Glaubensbekenntnis entstand als Reaktion auf synkretistische Häresien.

Die orthodoxen, katholischen und protestantischen Kirchen lehren, dass Christus völlig göttlich ("wahrer Gott") und gleichzeitig völlig menschlich sei ("wahrer Mensch") und dass die Personen der Trinität gleich und ewig seien. Die Formulierung der trinitarischen Lehre wurde in dem Verlauf von Jahrhunderten entwickelt, wobei die Definitionen stets wieder verfeinert wurden, um neu aufgekommene Meinungen bezüglich der Natur Jesu Christi, dem Verhältnis zwischen Christus und Gott der Vater und der Trinität abzuwehren.

Zu diesen Häresien gehörten:

• Adoptionismus oder dynamischer Monarchianismus erstmals in dem 2. und 3. Jahrhundert: Jesus sei bei seiner Taufe von Gott adoptiert worden. Jesus sei nicht Gott, sondern ein Mensch durch und im Gott wirke. Wird heute von Zeugen Jehovas, Christadelphians und Unitariern vertreten.
• Apollinarianismus, von Apollinaris von Laodicea dem Jüngeren um 360 in Syrien: Jesus Christus könne nicht gleichzeitig Gott und Mensch sein, sondern der göttliche Logos sei an die Stelle einer menschlichen Seele getreten. Ca. sein Körper sei menschlich geblieben.
• Arianismus, als Lehre erstmals in dem 3. Jahrhundert: Jesus Christus stände unter Gott und sei eine geschaffene Kreatur, allerdings vor allen anderen Wesen geschaffen und somit auch nicht Mensch in dem üblichen Sinne.
• Modalismus, modalistischer Monarchianismus, Patripassianismus, Sabellianismus, erstmals in dem 2. und 3. Jahrhundert: Gott sei eine einzige Person, die sich während der Geschichte auf verschiedene Art (als Schöpfer, als Jesus Christus, als Heiliger Geist) offenbart habe. Wird heute von manchen Pfingstgemeinden (Oneness Pentecostals) und der Vereinigten Apostolischen Kirche vertreten.
• Monophysitismus, Doketismus 2. Jahrhundert, 5. Jahrhundert: Jesus habe ca. eine - göttliche - Persönlichkeit, sei entweder ca. scheinbar Mensch, oder seine menschliche Natur sei in der göttlichen aufgegangen wie ein Tropfen in dem Ozean.
• Nestorianismus: 5. Jahrhundert, lehrt Jesus habe zwei klar unterschiedene Persönlichkeiten als Gott und Mensch, die vor allem den Körper gemeinsam hatten.

Das nicäische Glaubensbekenntnis ist als Reaktion auf christologische Häresien entstanden.

• Donatismus 4. Jahrhundert: Gültigkeit christlicher Sakramente (insbesondere Taufe, Priesterweihe) hingen vom Charakter und Glauben des Priesters ab (das heißt Taufen und Priesterweihen durch während der Verfolgung abgefallene Priester sind ungültig und müssen von einem nicht abgefallenen Priester neu gespendet werden; Abgefallene dürften nach der Verfolgung nicht wieder in die Kirche aufgenommen werden.)
• Pelagianismus: 5. Jahrhundert. Lehnt die Erbsünde ab und lehrt, der Mensch könne von sich aus alle Gebote Gottes einhalten.

Die katholische Kirche differenziert zwischen einzelnen abweichenden Erscheinungsformen des Glaubens und deren Nähe zur ausdrücklichen Häresie.

Nur ein Glaube, der direkt einem Artikel des Glaubens zuwiderhandelt oder der ausdrücklich festhält, was durch die Kirche zurückgewiesen wird, wird tatsächlich "Häresie" genannt, wobei zwingende Voraussetzung ist, dass der Häretiker vorher katholischer Christ war. Häresie ist die beharrliche Leugnung oder das beharrliche Zweifeln an einer zu glaubenden Wahrheit, nach dem die Taufe empfangen wurde. Während die Nennung häufig von Laien benutzt wurde, um jeden möglichen falschen Glauben als Heidentum zu denunzieren, kennzeichnet diese Definition ca. jenen als Häretiker, der als ursprünglicher Gläubiger der Katholischen Kirche später von dieser rechtgläubigen Kirche zugunsten eines gegensätzlichen Glaubens abwich.

Einen Glauben, der die Kirche nicht direkt abgewiesen hat, oder der in dem Gegensatz zu einer weniger wichtigen Kirchenlehre steht, bezeichnet man sententia haeresi proxima, "eine Meinung nahe der Häresie".

Ein theologisches Argument oder ein Glaubenssystem, das keine Häresie behauptet, aber zu als häretisch Schlussfolgerungen führen könnte, bezeichnet man propositio theologice erronea, eine "irrige theologische Angelegenheit".

Wenn eine theologische Position ca. Konflikte wohl denkbar macht, aber nicht notwendigerweise dazu führt, sprach man abgemildert von suspecta sententia de haeresi, "vermuteter Abweichung".

Im Mittelalter war Häresie nicht ca. ein Problem der Kirche, sondern ebenso der weltlichen Macht, die eine Abweichung vom rechten Glauben einer staatsfeindlichen Haltung gleichsetzte. Es kam vor, dass weltliche Fürsten von der Kirche forderten, Häretiker zur Ordnung zu rufen.

Im 11. und 12. Jahrhundert befahlen Päpste, Häresie mit Gefangenschaft und Einzug des Eigentums zu bestrafen und drohten den Fürsten, die Häretiker nicht bestraften, mit Exkommunikation.

Exkommunikation galt in dem Mittelalter als schwerste Bestrafung, und wurde auch so empfunden, da sie die einzelne Person vom Leib Christi, seiner Kirche, trennte und somit die Erlösung verhinderte. Die Exkommunikation oder die Androhung der Exkommunikation genügten oft, Häretiker zu dem Abgehen von ihren Überzeugungen zu bewegen.

Nach Auseinandersetzungen mit Sekten wie den Katharern (Albigensern) oder kirchlichen Gruppierungen wie den Waldensern wurde in dem 13. Jahrhundert die Inquisition gegründet, nach dem Kaiser Friedrich I. ein Gesetz erlassen hatte, das Ketzer zu dem Feuertod verurteilte. Die Inquisition war von Anfang an eine Zusammenarbeit zwischen Kirche und Staat gegen Häretiker.

So klagt König Philip IV. von Frankreich (Philip der Schöne) den Templerorden wegen Ketzerei und Homosexualität an. Da er hoch verschuldet war, unter anderem auch bei den Templern, wollte er sich die legendären Reichtümer des Ordens aneignen. Am 13.10 1307 wurden alle Templer in Frankreich verhaftet. Am 22. März 1312 hebt Papst Klemens V. auf dem Konzil von Vienne unter dem Druck von König Philip den Orden auf. Am 18. März 1314 werden der letzte Großmeister des Templerordens Jacques de Molay zusammen mit Geoffroy de Charnay in Paris auf dem Scheiterhaufen verbrannt. Näheres siehe Inquisition.

Die Reformation wurde von der katholischen Kirche zuerst auch als Häresie angesehen und in katholischen Gegenden entsprechend verfolgt.

Der moderne Protestantismus an sich wird heute von der katholischen Kirche nicht mehr als Häresie angesehen, wohl aber wurden die einzelnen Personen, die an seiner Entstehung beteiligt waren und die der katholischen Lehre in wesentlichen Punkten widersprachen, durch die Kirche zu Häretikern erklärt. Einige der Lehren des Protestantismus, die die katholische Kirche als häretisch einstuft, sind der Glaube, dass die Bibel (und nicht die Kirche) einzige Quelle und Richtschnur des Glaubens sei ("sola scriptura"), dass ca. der Glaube alleine zu dem Heil führen könne ("sola fide") und dass das allgemeine Priestertum der Glaubenden das Weihepriestertum überflüssig mache.

Sobald die Protestanten grundsätzlich die römisch-katholische Kirche in Frage stellten, galten sie als Schismatiker, nicht als Häretiker.

Eine Reaktion auf die Reformation war die Einrichtung der Kongregation für die Glaubenslehre (Sanctum Officium), die bis heute in der katholischen Kirche die letzte Instanz für Glaubensfragen ist.

In der Neuzeit wurde die Lehre von häretischen Gruppen offiziell vom Papst als Häresie verurteilt, es kam jedoch nicht mehr zu weltlichen Bestrafungen von Häresie.

Neuzeitliche Bewegungen innerhalb der katholischen Kirche, die als Häresie verurteilt wurden:

• Jansenismus, 17. Jahrhundert, lehrt absolute Prädestination (ähnlich wie Johannes Calvin, aber innerhalb der katholischen Kirche).
• Gallikanismus Der Papst unterstehe dem Konzil, sei nicht unfehlbar und habe keine Macht über weltliche Fürsten
• Sozinianismus und Psilanthropie : Unitarische Bewegung in dem 17. Jahrhundert, besonders in Polen

Auch der Protestantismus glaubte bereits in der Reformationszeit die Notwendigkeit zu sehen, sich gegen radikale Bewegungen abzugrenzen, wobei die Nennung Häresie in dem protestantischen Kontext kaum gebräuchlich ist. Zu weltlichen Strafen wegen Häresie kam es in dem evangelischen Raum ca. in dem 16. und 17. Jahrhundert.

Dabei wurde in protestantischen Gegenden das Bündnis von Staat und Kirche gegen Häresien weitergeführt, wobei die abweichende Lehre ab und zu auch eher das war, was der Staat als gefährlich ansah.

Lehren der katholischen Kirche, die bereits in der Reformation als Häresie gegen das biblische Christentum gesehen wurden, sind die Heiligenverehrung und die Lehre von der Transsubstantiation. Später kam auch die Marienverehrung dazu, die von den Reformatoren selbst nicht verurteilt wurde.

Verfolgt und verurteilt wurden bereits während der Reformationszeit Vertreter der radikalen Reformation, zu dem Beispiel Thomas Müntzer, die Wiedertäufer, oder der Antitrinitarier Michael Servetus.

Im 18. Jahrhundert kam es zu gegenseitigen Lehrverurteilungen von Calvinisten und Methodisten, insbesondere wegen der unterschiedlichen Auffassung von Prädestination. Dies blieb jedoch in dem Rahmen von theologischen Disputen ohne weltliche Konsequenzen - und da die Kontrahenten unterschiedlichen Kirchen angehörten auch ohne Kirchenstrafen.

Im 20. Jahrhundert hat der Gnadauer Verband und die deutsche Evangelische Allianz in der Berliner Erklärung von 1909 die Pfingstbewegung als Bewegung von unten (das heißt vom Teufel) verurteilt, was von manchen pietistischen Kreisen stets noch so gesehen wird. Auch da handelt es sich um eine theologische Stellungnahme ohne weltliche oder kirchliche Strafen.

Fundamentalistische protestantische Gruppierungen sehen häufig alles als Häresie an, was ihrer eigenen Ausprägung (die als die absolut Wahre gilt) widerspricht, insbesondere die katholische Kirche, aber auch die großen evangelischen Kirchen, die Ökumene und die Evangelische Allianz.

• Adoptianer , Albigenser, Apollinarianer, Arianer (Arius), Bogomilen, Doketen , Donatisten (Donatus), Gallikanismus , Gnostiker, Hussiten (Jan Hus), Jakobiten (Jakob Baradäus ), Jansenisten (Cornelius Jansen), Joachimiten (Joachim von Fiore), Katharer, Lollarden (John Wyclif), Markioniten (Markion), Modalisten , Monarchianer , Monophysiten, Montanisten (Montanus), Nestorianismus), Patripassianer , Paulikianer , Pelagianismus, Philipponen , Psilanthropen , Sabellianer (Sabellius ), Sozinianismus (Fausto Sozini ), Taboriten, Täufer, Utraquisten

Das orthodoxe Judentum stuft als häretisch ein, was von den traditionellen - biblisch-talmudischen - jüdischen Grundregeln des Glaubens abweicht. Zwei schon in der Antike beziehungsweise Spätantike bekannte heterodox-häretische Gruppen bilden die nationale Sondergruppe der Samaritaner und die antitalmudischen Karäer. In dem 17. Jahrhundert haben die messianisch inspirierten Anhänger des Sabbatai Zwi als jüdische Häretiker von sich reden gemacht.

Das heutige ultraorthodoxe Judentum ist der Ansicht, dass überhaupt alle Juden, die ihr spezifisches Verständnis von Maimonides' 13 Grundregeln des jüdischen Glaubens zurückweisen, Häretiker sind. Ultraorthodoxe Juden und die meisten modernen orthodoxen Juden betrachten jüdische Reformbestrebungen (Reformjudentum, teilweise sogar schon das konservative Judentum ) als häretische Bewegungen.

Die zwei islamischen Hauptbekenntnisse, die Sunna (offizielles Bekenntnis der meisten arabischen Länder und Hauptströmung in der - in dem übrigen laizistischen - Türkei) und die Schia (Staatsreligion in Iran seit 1501), sahen einander lange Zeit gegenseitig als jeweils häretisch an. Schon viel früher als Katholische und Orthodoxe Kirche in dem Christentum (Aufhebung des gegenseitigen Bannes Anfang 1964) haben sie sich jedoch in den 1930er Jahren zu gegenseitiger Anerkennung durchgerungen.

Folgende Gruppierungen in dem Islam können als häretisch gelten: Ahmadiya, Assassinen, Babis und Baha'i, Drusen, Hurufi , Karmaten

Andere Bewegungen oder religiöse Haltungen, vor allem mystisch inspirierte (vergleiche Sufi, Derwischtum, Bektaschi), sind wohl allgemein einem erhöhten Misstrauen von Seiten der Orthodoxie ausgesetzt, können aber keinesfalls an sich als häretisch genannt werden. Zudem werden heute je nach Land einige dieser Gruppen zugelassen, beziehungsweise von islamischen Gerichten und religiösen Institutionen respektiert, während andere, zu dem Beispiel die Ahmadis, seit 1974 in Pakistan) ausgeschlossen und verfolgt werden.

Im tibetanischen Buddhismus hat der Dalai Lama die Dorje-Shugden -Verehrung verboten, da sie eine einseitige Tradition sei. Auch die Neue Kadampa Tradition wurde aus der Buddhistischen Union ausgeschlossen. In dem japanischen Nichiren-Buddhismus betrachten die verschiedenen Schulen sich gegenseitig als Häretisch.

Die Häresie ist ein grundlegendes Problem fast aller Weltreligionen, aus strukturellen Gründen aber besonders der monotheistischen - von fundamentalistischen Sondergruppierungen ("Sekten"), die "Häretiker" (wenn nicht gar "Dämonen") am laufenden Band produzieren und bekämpfen, ganz zu schweigen.

Die Scientology Organisation benutzt die Nennung "squirreling" für nicht autorisierte Änderungen ihrer Lehre oder Methoden, genannt Häretiker als Verbrecher und verfolgt sie, insbesondere unter der Anklage wegen angeblicher Copyright-Verletzungen. Die Freie Zone wird von der Scientology Kirche als Häretiker angesehen und mit allen Mitteln bekämpft.

Auch rein säkulare Ideologien der Moderne sind hier häufig als Erben des alten monotheistischen Einzigkeits- und Einheitsanspruches zu erkennen. Besonders häufig hervorgehoben oder vermutet wird diese Parallele für den Marxismus-Leninismus: in der Form des Stalinismus hat die Verfolgung und Verurteilung von Abweichlern (von der offiziellen Parteidoktrin), die man als Opportunisten, Revisionisten oder Renegaten brandmarkte, in ihrer mörderischen Intoleranz deutliche Parallelen zur den christlichen und islamischen Ketzerverfolgung und übertraf diese häufig noch an Opferzahlen. Das gleiche gilt, häufig mit starken Einschränkungen, auch für viele nationale, häufig antikoloniale Erweckungsbewegungen global. Schließlich ist zu erwähnen, dass in vielen schulbildenden Beiträgen zu dem Ideenreservoir der Moderne (zum Beispiel Psychoanalyse, Surrealismus, Ökologiebewegung und so weiter) das häretische Problem immerhin latent anwesend ist.

• Inquisition, Hexenverfolgung, Ketzer, Minderheit, Sekte, Apostat
• Liste der Konfessionen,
• Chronologie der christlichen Kirchen, Konfessionen und Sondergruppen